از وقف‏نامه‏ ها و سندهاى موجود، نه سيادت خاندان صفوى معلوم است و نه امامى بودن شيخ صفى و پدرانش به ثبوت مى‏رسد؛ اما از مرگ شيخ صفى به بعد سندهاى چندى در دست است كه همه آنها دلالت بر شافعى بودن شيخ مى‏كند و هيچكدام مؤيّد سيادت خاندان صفوى نيست. از نظر قدمت، نخستين اين اسناد نوشته حمد اللّه مستوفى است كه ظاهرا در 740 ه. ق يعنى 5 سال پس از درگذشت شيخ صفى از اردبيل ديدن كرده است، مستوفى در كتابش مى‏نويسد: اكثر مردم اردبيل بر مذهب‏ شافعى‏اند و مريد شيخ صفى الدّين عليه الرّحمه ... ابن بزّاز نويسنده كتاب صفوة الصّفا كه خودش سنّى شافعى بوده، شيخ صفى را منسوب بر سلسله طريقت مى‏داند ... سيّد جمال الدّين احمد فرزند على كه خود 93 سال پس از مرگ شيخ صفى درگذشت و همزمان با خواجه على نواده شيخ بود كتابى تأليف كرد كه مشتمل بر تبارنامه‏هاى تمامى سادات ايران بود ... در اين كتاب، سخنى از سيادت اين خاندان به ميان نيامده است.

«... شيخ صفى (735- 650 ه. ق) در دوران ايلخانى سلطان محمّد خدابنده به اوج شهرت و قدرت روحانى خود رسيد، تا آنجا كه پژوهشهاى ما نشان مى‏دهد، نه ادعاى سيادت كرده و نه خود را شيعى امامى خوانده بوده است و به‏طور قطع آنچه در اين‏باره به وى نسبت مى‏دهند، چنانكه كسروى‏ به‏خوبى نشان داده است از آن دوره‏هاى بعد است ...

بى‏گفتگو شيخ صفى مردى به غايت پاكدامن و پارسا بود، حتّى دشمنان سرسخت شاه اسماعيل و خاندان صفوى، به ديندارى، مروّت، كرم اخلاقى و صفتهاى پسنديده اين مرد خستو شده‏اند. مورّخ دربار يعقوب بايندرى كه هيچگونه ارادتى نسبت به خاندان صفوى نداشته است، شيخ صفى الدّين را «وحيد آفاق» خوانده است و مى‏نگارد كه چون سلطان اولجايتو از عمارت مسجد سلطانيّه فراغت يافت، چهارصد تن از بزرگان و علماى ايران و از آن جمله شيخ صفى الدّين را به مجلس سورى در سلطانيّه دعوت كرد، اما چون شيخ از نشستن به سر سفره پادشاهان اكراه داشت، پيرى را بهانه ساخت و فرزندش خواجه صدر الدّين را به‏جاى خويش روانه سلطانيّه كرد، همچنين لقبها و عنوانهايى كه در دوره زندگى شيخ صفى خطاب به وى در وقف‏نامه‏ها و سندهايى چند نوشته بودند، دلالت بر سيّدى وى نمى‏كند ...»

دويست سال پس از مرگ شيخ صفى، يعنى هنگامى كه آوازه سيادت و شيعه امامى بودن خاندان صفى همه‏جاگير شده بود، يكى از دشمنان سرسخت شاه طهماسب عبيد اللّه خان ازبك به شاه ايران چنين مى‏نويسد: «... پدر كلان شما جناب مرحوم شيخ صفى را هم‏چنين شنيده‏ايم كه مردى عزيز و اهل سنّت و جماعت بوده و ما را حيرت عظيم دست مى‏دهد كه شما نه روش حضرت مرتضى على (ع) را تابعيد و نه روش پدر كلان را ... ما با آن طايفه مجادله و گفتگو داريم كه مذهب و ملّت پدران خود را گذاشته، تابع بدعت و ضلالت شياطين شده، طريقه حق را برطرف كرده و رفض و تشيّع اختيار نموده‏اند و با وجود آنكه مى‏دانند رفض كفر است، اين كفر را زور دست و شعار خود ساخته دم از اولادى آن بزرگوار (على) مى‏زنند ...» (نقل و تلخيص از تاريخ اجتماعى ايران، ابو القاسم طاهرى، ص 132 به بعد و ص 152)

اسمعيل پس از احراز مقام سلطنت  براى اشاعه مذهب تشيّع به شمشير توسّل جست. وقتى كه علماى شيعه او را از تندروى منع كردند و گفتند اكثريت قاطع مردم سنّى مذهبند، اسماعيل گفت: «اگر رعيت حرفى بگويد شمشير مى‏كشيم و يك كس زنده نمى‏گذاريم.» اسماعيل پس از آنكه دو جمله «اشهد انّ عليّا ولى اللّه» و «حىّ على خير العمل» را وارد اذان كرد، عدّه‏يى را به نام «تبرّائيان» اجير كرد، كه در كوى و برزن با صداى بلند به عمر و عثمان و ابو بكر و تمامى پيشينيان، ناسزا گويند و هركس را كه سدّ راه ايشان شود با تبر بر خاك اندازند ...»

انواع كيفر: شاه اسماعيل صفوى از پادشاهانى است كه در دوران سلطنت، براى اشاعه آئين تشيّع از هيچ ظلم و جورى فروگذار نكرد، چون اكثريّت قاطع مردم تبريز در عهد سلطنت اسماعيل به آئين تسنّن گرايش داشتند، وى با خشونت بسيار بيست هزار نفر را از دم تيغ گذرانيد و به نبش قبر و سوزاندن استخوان‏هاى مخالفين فرمان داد. حسين كيلا چلاوى را در قفس زندانى نمود، بدن حاكم ابرقو را به گفته حسن روملو در احسن التّواريخ عسل ماليدند و وى را در معرض نيش زنبوران قرار دادند، تا از گرسنگى و حرارت و آزار آن حشره‏هاى گزنده جان داد. كشتار و آزار عالمان سنّى، در پاره‏ئى از دژهاى نيرومند مانند شيراز، كازرون و سپس در هرات، دست كمى از خشونتهاى اسماعيل نسبت به رقيبان و مدعيان سلطنت نداشت. در نتيجه اين خط مشى، در خود ايران، ديگر مخالفى و رقيبى ياراى برخاستن نيافت ... به گفته نويسنده روضة الصّفويّه، چون لاشه شيبك خان را كشان‏كشان نزد مرشد كامل بردند، فرمان داد قورچيان بدن او را با دندان پاره‏پاره كنند و بخورند ... پوست سرش را از كاه پر كنند، نزد بايزيد دوّم سلطان عثمانى فرستادند، كاسه سرش را زر گرفتند به پياله باده‏نوشى مرشد كامل تبديل نمودند و يك دستش را براى عبرت حاكم مازندران فرستادند ...»( تاريخ اجتماعى ايران، بحش‏2ج‏8، ص: 54)